Berawal dari pengajian Al-Quran untuk anak-anak di sebuah kontrakan yang diikuti oleh anak-anak masyarakat kampung Poncol Cirimekar Cibinong. Tradisi pengajian sore atau lepas maghrib bagi anak-anak di sebuah kampung adalah merupakan kebutuhan bagi generasi Islam pemula, maka tidak aneh kalau pengajian ini diikuti oleh hampir semua anak-anak masyarakat Cirimekar dan sekitarnya. Tahun 1994, pengajian dengan nama TPA Al-Ikhlash ini sedikit berbeda dengan pengajian tradisional yang ada di rumah-rumah guru ngaji, karena tenaga pengajarannya dilaksanakan dengan metode IQRO, sementara di tempat-tempat lain masih menggunakan sistim Baghdadiyah (ejahan). Di samping itu tenaga pengajar di TPA ini lebih pariatif karena terdiri dari siswa-siswi MAN Cibinong yang tinggal di Pondok Pesantren Husnul Khotimah, sebuah Pondok Pesantren yang dibangun oleh BP3 MAN Cibinong pada tgl 11 Maret 1993.
Pada tgl. 04 Juni 1994 terbentuklah sebuah yayasan pendidikan Islam dengan nama YAYASAN PENDIDIKAN ISLAM AL-IKHLASH (Notaris HM.Adam.SH) sekaligus memulai pembangunan sarana pendidikan dengan susunan pengurus sebagai berikut :
1. Dewan Pembina
2. Ketua Umum : H. Adang Zakaria
3. Sekretaris Umum : Drs. Abdul Halim Al-Qorny
4. Bendahara : Ir. Mat. Yusuf
Sejak bulan Agustus 1994 sampai tahun 2000 pembangunan sarana pendidikan tidak berjalan karena tidak ada kerjasama antar anggota, praktis kegiatan yayasanpun berhenti. Atas inisiatif beberapa tokoh masyarakat dan pengurus yayasan terlaksanalah suatu rapat istimewa pengurus yayasan dengan hasil rapat sbb:<br>1. Membubarkan Yayasan Pendidikan Islam Al-Ikhlash Bogor<br>2. Menyerahkan kembali tanah wakaf beserta bangunannya kepada nadzir wakaf (Drs.Abdul Halim al-Qorny)
Dengan anggota jamaah pengajian Al-Hikmah beliau langsung membentuk panitia pembangunan untuk melanjutkan pembangunan yang terhenti, bahkan sudah menjadi kebun singkong- . dengan susunan Panitia sebagai berikut :
A. PENASEHAT :
B. PENANGGUNGJAWAB : Abdul Halim Al-Qorny
C. PELAKSANA :
SEKSI-SEKSI : Ditentukan dan disesuaikan dengan kebutuhan
PEMBANTU UMUM :
Melalui kerjasama antar jamaah dan panitia pembangunan, usaha meneruskan pembangunan tersebut akhirnya terwujud juga. Nama lembaganyapun berubah menjadi Pondok Pesantren dan Pengembangan Islam (YP3I) Al-Hikmah An-Najiyah Cibinong Bogor. Dengan Akte Notaris No. 13 tanggal 9 Maret 2004.
Pada tgl 1 Agustus 2001 bangunan tersebut sudah dapat diisi, walau dengan sangat darurat, rumah ustadz dan kamar santri hanya dibatasi hijab, Ponpes Al-Hikmah An-Najiyah sudah mulai melaksanakan tugas pendidikan da’wah dan pengabdiannya, dan pada waktu itu yang dapat diteima hanyalah santri putra.Sambil menyelesaikan pembangunan, pelaksanaan pendidikan kepesantrenan, majlis ta’lim dan kegiatan sosial lainnya terus dikembangkan, setahun kemudian rampung juga pembangunan ponpes tahap pertama.
Tahun 2002, di atas tanah seluas 250 m2 yang dibeli dari H. Marjuk dibangunlah bangunan dengan luas 13 X 12 m2 (dua lantai) untuk rumah di lantai bawah dan kamar santri putri di lantai atas. Tahun 2003 selesailah pembangunan ponpes tahap ke dua, dan pada taanggal 1 Agustus tahun itu resmi diisi dengan doa yang dibacaakan oleh KH. Burdah (pimpinan Pon-Pes Babakan Madang).
Tahun 2003 sampai dengan tahun 2004 ponpes tidak melakukan pembangunan tahap berikutnya, kecuali rehab bangunan tahap pertama; Dak depan yang menghadap timur dirubah menjadi garasi dan menghadap selatan. Maret 2004 ponpes membentuk panitia lelang wakaf untuk membeli tanah di depan pondok seluas 650 m2, dan awal tahun 2006 tanah itupun resmi menjadi milik Pondok Pesantren Al-Hikmah An-Najiyah.
Awal tahun 2007 ponpes mulai melaksanakan pembangunan tahap ketiga di atas tanah yang belum lama dibebaskan. Pembangunan masih berjalan, persiapan untuk mengembangkan pendidikanpun dimulai. Pada hari Ahad 27 Januari 2008 ( 18 Muharram 1429 H) – bertepatan dengan wafatnya Suharto- berlangsung musyawarah khusus dan terbatas, yang dihadiri oleh pengurus YP3I Al-Hikmah An-Najiyah dan beberapa undangan dengan agenda persiapan mendirikan pendidikan formal. Dalam musyawarah tersebut membuahkan kesepakatan :
Membuka Pendidikan Formal tingkat SLTP dengan nama SMP.IT An-Najiyah Cibinong – Bogor
Memilih dan menetapkan kepengurusan, pelaksana pendidikan tersebut sebagai berikut :
Memberi mandat kepada pengurus tersebut untuk mempersiapkan segalanya untuk menjalankan tugasnya melaksanakan kegiatan pendidikan formal di bawah YP3I Al-Hikmah An-Najiyah
Senin Tgl 14 Juli 2008 ( 11 Rajab 1429 H ) gedung baru tingkat dasar mulai dipergunakan, untuk tahap pertama :